Rの環境構築(CentOS, ubuntu)
統計解析で広く用いられているRをCentOS, ubuntuにインストールして
使えるようにする。
統計解析ではPythonも人気で自力で計算処理を実装するならライブラリが豊富にある
というメリットがあるのだろうが、Rの方が初心者にも扱いやすい印象があるのでまずは
Rに慣れたいと思う。
今回は環境を構築するところまでが目的で、以下の環境でRを使えるようにする。
・Ubuntu 14.04.3 LTS
・CentOS Linux release 7.2.1511
○CentOS R構築
まずはepelリポジトリからRをインストールする
1.RインストールCentOS RStudio Server 構築
yum --enablerepo=epel -y install R
○CentOS RStudio Server 構築
次にRのIDEであるRStduioをインストールする。
公式サイト(https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/)のほうで
構築手順の説明があるので、それに従うのが安全
1.RStudio Serverインストール
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.879-x86_64.rpm sudo yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.879-x86_64.rpm
2.動作確認
#起動 firewall-cmd --add-port=8787/tcp --permanent firewall-cmd --reload rstudio-server start
ブラウザでアクセスするとログイン画面が表示されるので、osユーザでログインできることを確認する
○CentOS shiny Server構築
Rで作ったアプリを降下するためのshiny serverもインストールする
こちらも公式サイト(https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/)に詳しい構築手順
がのっている
1.shiny Serverインストール
sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
wget https://download3.rstudio.org/centos5.9/x86_64/shiny-server-1.4.1.759-rh5-x86_64.rpm
sudo yum install --nogpgcheck shiny-server-1.4.1.759-rh5-x86_64.rpm
2.shiny server起動
firewall-cmd --add-port=3838/tcp --permanent firewall-cmd --reload systemctl start shiny-server
3.動作確認
ためしにRStduioのでshinyのプロジェクトを作成し、shiny serverにデプロイしてみる
RStudioのメニューから File → New Project → New Directory → Shiny Web Applicationを
実行し新規にプロジェクトを作成する。
それから作成したプロジェクトを/srv/shiny-server/にコピーし、ブラウザでアクセスする(ポートはデフォルトだと3838になる)
Ubuntu R-studio構築
1.dpkgダウンロード
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/からdpkgをダウンロードし
サーバにアップロードしておく
3.依存解決
sudo apt-get install gdebi-core ※警告が出たら以下実行 sudo apt-get -f install sudo apt-get install r-base sudo apt-get install gdebi-core
2.rstudio-serverインストール(公式の手順を確認するhttps://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/)
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-0.99.879-amd64.deb sudo gdebi rstudio-server-0.99.879-amd64.deb
3.動作確認
#起動 sudo ufw allow 8787 sudo ufw reload sudo rstudio-server start #停止 sudo rstudio-server stop
○rstudio設定
公式を確認する(http://memorandum2015.sakura.ne.jp/docs/server/configuration.html)
/etc/rstudio/rserver.conf /etc/rstudio/rsession.conf
Ubuntu shiny Server 構築
sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-1.4.1.759-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.4.1.759-amd64.deb
