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Rの環境構築(CentOS, ubuntu)

分析

統計解析で広く用いられているRをCentOS, ubuntuにインストールして
使えるようにする。

統計解析ではPythonも人気で自力で計算処理を実装するならライブラリが豊富にある
というメリットがあるのだろうが、Rの方が初心者にも扱いやすい印象があるのでまずは
Rに慣れたいと思う。

今回は環境を構築するところまでが目的で、以下の環境でRを使えるようにする。
Ubuntu 14.04.3 LTS
CentOS Linux release 7.2.1511

CentOS R構築
まずはepelリポジトリからRをインストールする
 1.RインストールCentOS RStudio Server 構築

yum --enablerepo=epel -y install R

CentOS RStudio Server 構築
次にRのIDEであるRStduioをインストールする。
公式サイト(https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/)のほうで
構築手順の説明があるので、それに従うのが安全
 1.RStudio Serverインストール

wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.879-x86_64.rpm
sudo yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.879-x86_64.rpm

 2.動作確認

#起動
firewall-cmd --add-port=8787/tcp --permanent
firewall-cmd --reload
rstudio-server start

ブラウザでアクセスするとログイン画面が表示されるので、osユーザでログインできることを確認する

CentOS shiny Server構築
Rで作ったアプリを降下するためのshiny serverもインストールする
こちらも公式サイト(https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/)に詳しい構築手順
がのっている
 1.shiny Serverインストール

sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
wget https://download3.rstudio.org/centos5.9/x86_64/shiny-server-1.4.1.759-rh5-x86_64.rpm
sudo yum install --nogpgcheck shiny-server-1.4.1.759-rh5-x86_64.rpm

 
 2.shiny server起動

firewall-cmd --add-port=3838/tcp --permanent
firewall-cmd --reload
systemctl start shiny-server

 3.動作確認
 ためしにRStduioのでshinyのプロジェクトを作成し、shiny serverにデプロイしてみる
 RStudioのメニューから File → New Project → New Directory → Shiny Web Applicationを
 実行し新規にプロジェクトを作成する。
 それから作成したプロジェクトを/srv/shiny-server/にコピーし、ブラウザでアクセスする(ポートはデフォルトだと3838になる)

Ubuntu R-studio構築
 1.dpkgダウンロード
  https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/からdpkgをダウンロードし
  サーバにアップロードしておく
 
 3.依存解決

sudo apt-get install gdebi-core
※警告が出たら以下実行
sudo apt-get -f install
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install gdebi-core

  
 2.rstudio-serverインストール(公式の手順を確認するhttps://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/)

wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-0.99.879-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-0.99.879-amd64.deb

 
 3.動作確認

#起動
sudo ufw allow 8787
sudo ufw reload
sudo rstudio-server start
  
#停止
sudo rstudio-server stop

 
 ○rstudio設定
  公式を確認する(http://memorandum2015.sakura.ne.jp/docs/server/configuration.html)

/etc/rstudio/rserver.conf
/etc/rstudio/rsession.conf

Ubuntu shiny Server 構築

sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-1.4.1.759-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.4.1.759-amd64.deb